中國科學院微生物研究所（以下簡稱微生物所）成立于1958年12月3日，其前身是中國科學院應用真菌研究所和中國科學院北京微生物研究室，目前已發展成為一個具有雄厚基礎、強大實力和廣泛影響的綜合性微生物學研究和微生物技術研發機構。 

 

　　微生物所堅持“微生物、高科技、大產業”的戰略定位，面向工業升級、農業發展、人口健康和環境保護等國家重大需求，瞄準微生物學科的發展前沿，以微生物資源、微生物技術、病原微生物與免疫為主要研究領域，在研究微生物生物多樣性、基本生命特征和生態功能的基礎上，努力創建從微生物資源開發、功能改造和利用、生物技術創新到成果轉化的自主研發體系，創建世界一流的微生物學研究中心和微生物生物技術研發基地。

 

　微生物所設有微生物資源前期開發國家重點實驗室、真菌學國家重點實驗室、中國科學院微生物生理與代謝工程重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室（與中國科學院遺傳與發育生物學研究所共建）、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室五個重點實驗室，另設有技術轉移轉化中心、微生物資源與大數據中心。同時有依托微生物所建設中國科學院—發展中國家科學院生物技術卓越中心、中國科學院—發展中國家科學院新發突發傳染病研究與交流卓越中心和中國科學院流感研究與預警中心。研究所擁有亞洲 很大的、近52萬號標本的菌物標本館和國內 很大的、保藏了近6.1萬株菌的中國普通微生物菌種保藏管理中心，建有網絡信息中心、大型儀器中心和生物安全三級實驗室、SPF實驗動物房等技術支撐平臺，擁有一個藏書（刊）5萬余冊的專業性圖書館。 

 

　　2018年，微生物所結合研究所“十三五”戰略規劃，在社會可持續發展、人類健康、制造業轉型升級和農業發展方式轉變等領域，繼續發揮了微生物生物技術專長，創新了一系列微生物生物技術，一三五規劃取得重大突破進展。其中包括：高附加值化學品工業生產菌株的產能提升，高附加值氨基酸及其衍生物的生物合成，流感等動物源性新突發傳染性病原跨種感染、傳播及致病的分子機制。 

 

　　2018年，微生物所主導了中國科學院微生物組計劃先期實施，發揮科技智庫功能，服務國家科技戰略和科技政策的制定。中國科學院重點部署項目“人體與環境健康的微生物組共性技術研究”暨“中國科學院微生物組計劃”已經正式啟動。項目將淬煉一支富有國際競爭力的微生物組研究團隊，凝練出一批先進的微生物組研究成果、技術和方法，為中國微生物組計劃的誕生發揮先導和引領作用，推動我國在全球微生物組研究的競爭中實現從“跟跑到并跑，乃至領跑”。